抗擊”新型肺炎!阿里達(dá)摩院研發(fā)AI算法,半小時(shí)完成疑似病例基因分析
2020-02-05 15:04 作者:admin 瀏覽量:
這次的肺炎疫情對(duì)中國(guó)的中小企業(yè)將會(huì)是沉重的打擊,據(jù)釘釘和微信兩個(gè)辦公平臺(tái)數(shù)據(jù)統(tǒng)計(jì)現(xiàn)有2億左右的人在家遠(yuǎn)程辦公,那么對(duì)于中小企業(yè)的員工來說不懂IT技術(shù)將會(huì)讓他們面臨的最大挑戰(zhàn)和困難。
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利用技術(shù)輔助抗擊疫情,阿里巴巴、百度等科技巨頭各顯身手。
此前,AI科技大本營(yíng)采訪報(bào)道了阿里達(dá)摩院《數(shù)十名工程師作戰(zhàn)5天,阿里達(dá)摩院連夜研發(fā)智能疫情機(jī)器人》一文,后者為了解決客服人力不足的局面,快速響應(yīng)政府需求開發(fā)相應(yīng)產(chǎn)品。
1月29日,阿里云宣布開放一切AI算力,將與合作機(jī)構(gòu)向全球科學(xué)共同體免費(fèi)開放相關(guān)藥物研發(fā)資源,共同加速針對(duì)新型冠狀病毒的藥物研發(fā)。
基于阿里云提供的強(qiáng)大AI算力,可以幫助科研機(jī)構(gòu)縮短研發(fā)周期,支持病毒基因測(cè)序、新藥研發(fā)、蛋白篩選等工作。
很快,新成果再度宣布。2月1日,由浙江省疾病預(yù)防控制中心、阿里達(dá)摩院醫(yī)療AI團(tuán)隊(duì)和杰毅生物技術(shù)公司共同研發(fā)的自動(dòng)化的全基因組檢測(cè)分析平臺(tái)上線浙江省疾控中心,該平臺(tái)將在浙江大規(guī)模應(yīng)用。
其中,針對(duì)新型冠狀病毒的AI診斷技術(shù),阿里達(dá)摩院研發(fā)了AI算法,可將原來數(shù)小時(shí)的疑似病例基因分析縮短至半小時(shí),大幅縮短確診時(shí)間,并能精準(zhǔn)檢測(cè)出病毒的變異情況。當(dāng)然,該平臺(tái)同樣有基于阿里云的算力為病毒解析提供支撐。
達(dá)摩院算法專家顧斐博士在疾控中心設(shè)置基因檢測(cè)分析參數(shù)
公開信息顯示,該病毒是基因組序列最長(zhǎng)的病毒之一,全基因組序列全長(zhǎng)29847bp,臨床診斷需要將患者樣本與該病毒基因序列進(jìn)行比對(duì)才能確定診斷結(jié)果。
另一方面,根據(jù)阿里方面提供的資料,目前醫(yī)院普遍采用核酸檢測(cè)方法,其只能檢測(cè)到病毒基因的局部。而由于病毒存在變異的可能性,對(duì)于整個(gè)基因序列來說這種檢測(cè)方法猶如盲人摸象,一旦病毒發(fā)生變異,就可能出現(xiàn)漏檢的情況。
當(dāng)前,全國(guó)新型冠狀病毒肺炎疫情依然嚴(yán)峻,快速、精確診斷對(duì)于疫情控制尤其重要。
而此次研發(fā)的自動(dòng)化全基因組檢測(cè)分析平臺(tái)采用不同于核酸檢測(cè)方法的全基因組檢測(cè)技術(shù),對(duì)疑似病例的病毒樣本進(jìn)行全基因組序列分析比對(duì),能夠有效防止病毒變異產(chǎn)生的漏檢,并將原需數(shù)小時(shí)的全基因分析流程減少到半小時(shí),大幅提高疑似病例的確診速度和準(zhǔn)確率。
阿里方面稱,疫情發(fā)生后,達(dá)摩院算法專家顧斐博士第一時(shí)間針對(duì)新型冠狀病毒基因進(jìn)行特征分析,并推出多個(gè)算法模型。在序列比對(duì)過程中,達(dá)摩院對(duì)算法增加了分布式設(shè)計(jì),有效提升比對(duì)效率;在病毒序列拼接階段使用分布式設(shè)計(jì)的de Bruijn圖算法,變異病毒也能精準(zhǔn)檢測(cè)。
浙江省疾控中心基因測(cè)序負(fù)責(zé)人孫逸博士表示,基于該平臺(tái),未來還可以在短時(shí)間內(nèi)將檢測(cè)范圍覆蓋整個(gè)確診病例,也為后續(xù)疫苗與藥物研發(fā)打下基礎(chǔ)。